Zamość prawa miejskie uzyskał w 1580 r., na mocy przywileju lokacyjnego wystawionego przez kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego. W 1589 r. miasto zostało stolicą założonej przez jego właściciela Ordynacji Zamojskiej.

XVII wiek był okresem największego i najszybszego rozwoju miasta. Osiedlała się tu nie tylko ludność polska, ale również wielu innych narodowości. Miasto musiało się jednak zmagać z licznymi najazdami, m.in. Kozaków pod dowództwem Bohdana Chmielnickiego w 1648 r. oraz podczas potopu w 1656 r. przez wojska szwedzkie, którym podobnie jak Kozakom nie udało się zdobyć miasta. Dopiero podczas wielkiej wojny północnej Zamość został zajęty przez wojska szwedzkie i saskie.

W połowie XVIII w. przeprowadzono reformę założonej już w 1594 r. Akademii Zamojskiej (wykładał na niej m.in. Stanisław Staszic), ale po zajęciu miasta przez Austriaków w wyniku I rozbioru (1772 r.) została zamknięta (1784 r.).